מאז הקמתה ב-1956, התוכנית השנתית של ארגון יהודה הצעיר סיפקה ליותר מ-10,000 בני נוער יהודים בעיקר מארצות הברית ובריטניה שנה דינמית ומלאה של אתגרים וחוויות משנות חיים. בעוד שבמשך השנים השתנתה התוכנית והתעצבה פעמים רבות, המטרות של התוכנית השנתית נשארו כפי שנראו בעיני רוחם של מקימיה. חשיפה של צעירים יהודים לסגנונות חיים שונים בישראל, לימוד עברית, חיזוק הזהות היהודית, הטמעה של אהבת הארץ ועלייה הינם מטרות אשר מהוות את עמוד התווך האידיאולוגי של התוכנית. במשך מרבית שהותם בארץ, פועלים משתתפי התוכנית בהתנדבות ופעילות קהילתית בערים, ישובים ומוסדות בכל רחבי הארץ.
אופי התוכנית השנתית מעוצב בהתאם לאופיים של בני נוער המסיימים תיכון. התוכנית הינה בת תשעה חודשים, זמן זהה לשנה אקדמית , והיא מציעה למשתתפיה מבחר רחב של אופציות בתחום האקדמי, ההתנדבותי והחוויתי. התוכנית השנתית מחולקת לשלושה סמסטרים: שלושה חודשי התנדבות בקהילה בחולון או בבת ים, שלושה חודשים הנקראים ה"חוויה הישראלית" בה חניכים יכולים לקחת במגוון של 60 אופציות של התנסויות או התנדבות כמו "מרווה", חפירות ארכיאולוגיות, התנדבות עם קבוצות כמו גרינפיס, עמותת אתגרים, עבודה בחווה אקולוגית, התנדבות במגן דוד אדום או במכבי האש וכד. שלושת החודשים הנוספים הינם תקופה אינטנסיבית של לימודים אקדמיים וסיורים שבסיסה באכסניית יהודה בירושלים. התוכנית האקדמית פועלת בשיתוף עם University of Judaism הנמצאת במדינת קליפורניה שבארצות הברית.
הדרך בתוכנית רצופה פעילויות קבוצתיות, ערבים מיוחדים והעשרה חברתית ענפה. במהלך השנה החניכים יוצאים לשני טיולים ארוכים, אחד בצפון ואחד בדרום, ולהם נוספים סיורים וסמינרים רבים בכל רחבי הארץ. רוב סופי השבוע של התוכנית חופשיים וחניכי התוכנית מקבלים עידוד ותמיכה להכרת הארץ בהתאם לרצונותיהם ועניינם האישי, אם בכדי לבקר את משפחותיהם או חברים שהכירו במהלך התוכנית, או כדי לחוות את הארץ על כל פניה לאורכה ולרוחבה. מידי שנה מצטרף לתוכנית השנתית גרעין שנת שירות של בוגרי תנועת הצופים המכונה גרעין "עתיד".
בנוסף לתוכנית הבסיס אותה עוברים כלל המשתתפים, מציעה התוכנית השנתית אופציות למסלולים ייחודיים. בין האופציות ישנן: תוכנית לאתלטים, תוכנית עם דגש על לימודי טרום רפואה, תוכנית עם דגש על אומניות הבמה, תוכנית למעצבים, תוכנית למתעניינים באומנות הבישול והקולינריה.
בתוכנית השנתית שני מסלולים ייחודיים נוספים: של"ם – תוכנית המשלבת לימודי קודש ואורח חיים דתי – אורתודוקסי ותוכנית שבט המציעה למשתתפיה את החשיפה לחוויה הדתית באופן מעט פחות מחייב.
"עולמי" : בנוסף למסלולים השונים מציעה התוכנית השנתית למשתתפיה תוכנית השלמה החוקרת את הקשר ישראל – תפוצות וישראל והעולם מהיבטים שונים. עולמי מציעה למשתתפיה סיורים בני שבוע עד עשרה ימים במדינות שונות בהתאם לנושא הנחקר: א. "בעקבות המהפכה הציונית" : צרפת, מזרח אירופה, מרוקו ואתיופיה, ב. "בעקבות קהילות יהודיות אבודות" : פורטוגל, אוגנדה, דרום אפריקה והודו, ג. תולדות יהדות ספרד: ספרד, הולנד, יוון, טורקיה, ד. "ישראל, אפריקה והיהודים": קניה, אתיופיה, ניגריה וטוניסיה.
צוות התוכנית השנתית מונה אנשי חינוך פורמאלי ובלתי פורמאלי, המוכשרים ומסורים לעבודתם, כמו כן מורי דרך ומדריכים חברתיים. קבוצה רחבה ורב גונית זו של אנשים, עושה כל שביכולתה כדי לספק לחניכים סביבה תומכת ,מאתגרת וברמה אקדמית גבוהה.
